在中央实施扩大内需政策、加大交通基础设施建设投资力度的形势下，2009年，交通运输部进一步加强监督检查工作，组织了交通建设市场督察、农村公路专项督察、质量安全综合督察等9个联合检查组，对全国62个高速公路项目、140个农村公路项目、25个水运建设项目以及部分灾后重建项目，进行了监督检查。

　　按照统一安排，各地交通运输部门对1165个重点项目、1251个灾后恢复重建项目和95845个农村公路项目的资金筹措、管理使用情况开展了财务审计检查。

　　2009年，交通运输部坚持查找问题与建章立制相结合，制定和完善了《交通基础设施建设领域领导干部八项规定》、《交通建设资金监督管理办法》、《公路工程标准施工招标文件》和《公路施工企业信用评价规则》等一批管理规定和廉政制度。开展了“制度落实年”活动，实施了部分重点工程项目招投标挂牌监督；组织开展了工程项目廉政风险排查和防控研究，针对排查出的163个廉政风险点，提出了242项防控措施。

　　2009年，全国交通运输系统纪检监察部门积极拓宽信访举报渠道，认真分析排查案件线索，切实加大查办违纪违法案件的工作力度。2009年查办各类违纪案件186起，给予党纪处分114人，政纪处分137人。

　　2009年5月，全国交通运输系统全面启动“小金库”专项治理工作。各地交通运输部门在交通运输部统一部署下，遵循分组负责原则，统筹安排、精心组织、扎实推进“小金库”治理工作。全年，全系统组织部属单位自查自纠，共清理“小金库”52个，涉及资金374万元。

　　2009年，交通运输部认真落实中央关于党政机关厉行节约、坚决制止公款出国（境）旅游、改进公务接待等文件精神，取得显著成效。仅部机关全年就压缩因公出国（境）团组11批72人次，实现了出国（境）经费比前三年平均数缩减20%的目标。车辆购置及运行费用、公务接待费用比前三年同期平均数分别下降22％、29％。

　　2009年，交通运输部加大明察暗访力度，严肃查处乱收费、乱罚款行为，全系统共查处违规执法案件248起，给予223人党纪政纪处分或组织处理。

　　2009年，交通运输系统认真解决交通基础设施建设领域农民工工资拖欠问题，共查处问题466个，涉及金额1.8亿元。

　　交通运输部紧紧抓住民主推荐、笔试面试、组织考察、集体研究等关键环节，加强对干部选拔任用工作的监督。2009年，交通运输部机关和部属单位的党员干部述职述廉4191人次，纪委负责人与下级党政主要负责人谈话2262人次，任前廉政谈话1737人次，诫勉谈话114人次，个人重大事项报告1079人次。